Я так понимаю соберутся файлы из этих ченжсетов и скопируются в ветку, ну т..е это не будут изменения, а просто файлы. именно поэтому и нет команды rebase(которая вызывает бурные дискуссии в GIT)
А я так понимаю что должны наложиться именно изменения. Мне было бы очень странно если такой функциональности не было бы в какой-то VCS.