Поиск дубликатов и пересечений, не стандартным инструментом

[ZooY]

Уведомлять пользователя из плагина можно через Exception. Например можно вывести сообщение что запись привязана к другому объекту или подробности по обработке данного объекта смотреть там то...
Другой вариант (если нужно подробное информирование пользователя) - это сделать свою собственную страницу ввода... чего у вас там... организация... вот страницу ввода организации. Тогда и сообщения можно будет любые выводить.
Еще можно проверять дубликаты скриптом на событии OnSave. Т.е. делать предпроверку и информировать пользователя что с записью после создания произойдет то-то...
На самом деле вариантов много, все зависит от конкретной ситуации.