если руками ничего не правилось в книгах операций, то причина может быть ее одна:
у вас несколько настроек Товарная Группа + Склад, следовательно, надо сверять не с Фин. Счетом, а с суммой нескольких Фин. Счетов.
Либо в самой оборотке поставить фильтр по учетной группе товара и склада.