очистка журнала транзакций..

[rmv]

Замерьте монитором клиента или профайлером какие операции дают наибольшие тормоза.
Могу предположить, что из-за сжатия страниц в результате шринка DB основное время занимает перестройка кластерных индексов (по сути физическое перемещение данных согласно первичному ключу таблицы).
Думаю, что в силу своего построения, наибольшие тормоза возникают при вставке данных в сифт-таблицы.
Наверно, самый легкий вариант для лечения - забэкапить базу средствами Нава и восстановить на чистую базу.