Руководство проектами.

1. MS project хорош для составления базового плана.
корректировки подробного расписания в дальнейшем напрягают.
видимо, имеет смысл в дальнейшем разбить проект на независимые "очереди" и работать по ним. хоть в Excel.

2. Писать что-то свое- самоубийство.
3. А с какой системой конкретно у вас связан проект? Я видел инструменты, разработанные под проекты Navision (разрабатывали Импакт софт, LC Group, + собственная разработка DA_NEAL). Кроме того, в самой Navision есть "План настройки" или что-то в этом духе.
Слышал, что какие-то административные инструменты есть в axapta.
В SAP есть возможность привязывать каждую операцию по настройке системы к релизу и к позиции маршрутной карты проекта.
Это что касается проектов внедрения....

Относительно техподдержки уже внедренной системы... покупайте готовое решение для HelpDesk. Логика процесса везде типовая (подача заявки - назначение ответственного технического персонала - отработка заявки- закрытие заявки). так что, должны быть типовые решения. у нас (вернее, у нашего аутсорсера) самописный сайт