Нет. Это на форме номенклатур на вкладке "Ссылки" в группе "Спецификация" галка на русском называется "Автоотчёт о приёмке". Перевод оставляет желать лучшего. На самом деле она отвечает за автоматическую разборку спецификации в момент прихода узла на склад. Достаточно экзотическая настройка. Вообще говоря по таким номенклатурам остатков на складе быть не должно. Так что врядли это ваш случай.
Гадать можно ещё долго. Что бы не гадать посмотрите как инициализируется
reqTransBOM.IsDerivedDirectly в методе
ReqTrans.CreateBOM(). У вас же вызывается этот метод? Но на самом деле вариантов мало. Всё-таки где-то у вас остался тип строки "Производство". Больше идей у меня нет