Количество в складской проводке меньше закрытого количеству

[Logger]

По-моему неправильно.
Если не ошибаюсь такое может происходить когда вы закрываете склад в обоих валютах, в первичной и во вторичной.
Для определенной последовательности закрытий (какой уже не помню) при сопоставлениях вызывается расщепление проводки InventTrans - во вторичной валюте, а поля от первичной валюты изменяются некорректно.