По идее могут быть проблемы... Читал на одном из форумов, что сборка написанная под x86 не хотела регистрироваться на сервере x64. Для того чтобы всё заработало необходило было убрать референс на 32 битные версии SDK сборок и зареференситься на 64 битные.
я правильно понимаю: нужно в Visual studio открыть исходный проект подпихнуть туда из sdk нужные dll x64 и заново пересобрать сборку?