Стандартная фу-ть «Отгрузки/Shipments» не решает задачу т.к. объединяет отгрузочные по признакам: Все/Клиент/Заказ.
Эту "стандартную функциональность" - весь модуль - использовать больше не рекомендуется. В AX2012 R3 WMS нужно включить параметр "Consolidate loads during wave processing": https://community.dynamics.com/ax/f/33/t/137063