Почитать в документации.
При учете отгрузки из заказа продажи создается накладная, товар списывается со склада. При учете счета из заказа продажи создается счет и формируется задолженность клиента.
Оплата принимается через ПКО, если налом, если по безналу - то через фин. журнал по банковской выписке.
Запланировать закупки под продажи можно, но это нужно делать ДО учета заказа продажи - если учли, значит отгрузили, тут и планировать нечего. Ну и подсистему планирования настроить надо предварительно - там есть несколько вариантов планирования.
Почитайте документацию. Еще есть несколько хороших статей apanko:
Nav4u, Выпуск 1. Балансирование спроса при планировании материальных ресурсов
Nav4u, Выпуск 6. Поговорим о планировании под заказ
Nav4u, Выпуск 6. Поговорим о планировании точка дозаказа