Попробуйте не просто делать КР-Н, а создаваить ее копированием неправильного документа. Чаще всего оба сторнировочных документов не попадает в книгу покупок/продаж
Можно узнать версию Navision где это реализовано и частоту (в процентах) непопадания в книги продаж/покупок сторнированного и сторнирующего документа?