А Вы не обращали внимание на дату учета и рабочую дату..
Если на рабочую дату товар присутствует, а на дату учета товара не было, то документ может учесться и получим остатки в "минус".
проверил на нескольких товарах - уходит в минус при отсутствии на любую дату.