Настройка индексов

[AlGol]

Если по условию которое установлено в запросе есть индекс, то сканирование таблицы не должно делаться. Максимум сканирование индекса.

Попробуй для начала сделать проверку/синхронизацию по таблицам в которых наблюдаешь сканирование.
Это вызывается из Администрирование/ Периодические операции/ SQL Администрирование.

Если проверка не даст ошибок, то сделай реиндексацию по таблице (делается там же).

Если после этого все равно все плохо - то надо смотреть что за индексы на таблице, что за запросы долго работают и тд.
методики есть и у mazzy - http://axapta.mazzy.ru/lib/querytuning/