В 2012 используется WF4, где, как говорят, существенно увеличили производительность. К тому же теперь не нужен IIS - он встроен, прямо в АОС. Но у меня реального опыта с ним нет - поэтому не скажу насколько он лучше 2009
Не скажу за производительность, но помню пляски с настройкой нескольких инстансов WF на одном хосте в 2009 - и как же хорошо стало с 2012