когда в строке накладной(custInvoiceTrans) в поле LineAmount (Amount) значение не равно qty*Price?

[Ivanhoe]

Про какую версию системы идет речь? В 2009 таких полей нет.

В общем случае - цены в строке накладной может не быть - если указать сразу сумму по строку в заказе / при обработке накладной.
Если все-таки вводили в заказе и цену, и количество, то:

если цена не включает налог, то Qty * SalesPrice = LineAmount, итого по строке с налогом = LineAmount + TaxAmount, при этом LineAmountTax (сумма налога, включенного в цену) = 0.

если цена включает налог, то Qty * SalesPrice = LineAmount + LineAmountTax, итого по строке с налогом = LineAmount + TaxAmount, при этом LineAmountTax (сумма налога, включенного в цену) = TaxAmount.

Обратите внимание, что в форме накладных, есть поле "Сумма" - это метод lineAmountInclTax(), он показывает сумму LineAmount + LineAmountTax, т.е. если налог не был включен в цену, то это сумма без налога.