Периодически слетает логирование операций в SysDatabaseLog.

[Logger]

Такого не встречали.
Были похожие проблемы :
1. Если вы используете домены (а логирование настраивается в разрезе доменов), то в случае когда логирование настроено на домен админ,а у пользователя права есть только на один конкретный домен (а на домен админ прав нет), то Аксапта не видит для него настроек логирования и ничего не логирует. См. Логирование изменений и открытие доступа к домену
Мы этот баг ядра обошли настройкой логирования для всех доменов.
У вас этот глюк мог проявляться если пользователям права меняли и убрали права в домен в котором настроено логирование.

2. Если аос долго не перегружается то у него иногда бывают глюки когда повреждается кеш табличек. (а настройки логирования - кешируемая табличка)
Можно посоветовать только настроить периодическую перезагрузку аосов. Например раз в сутки. Все равно бывают пересменки у пользователей.