Помню, что у нас на 3.0 были проблемы с расчетом по средней при закрытии склада, в методе InventCostItemDim::updateModelAverage есть сортировка по RecId, с отрицательными начинает работать неверно.
Спасибо! Проверил код - сортировка закомментирована 4 года назад