Вроде как нужно завести каждое подразделение как поставщика и указать его в грузоотправителе:
Цитата:
На форме Поставщики (Расчеты с поставщиками/ Обычные формы/ Сведения о поставщике) на закладке Разное добавлено поле Код отдельного подразделения. В случае, если в этом поле указан код обособленного подразделения, а поставщик определен как Грузоотправитель в накладной, код будет отражен в печатной форме в номере исходящей фактуры.