Правильно ли я понимаю, что оплата осуществляется в Евро, а счет выставляется в рублях? Просто вариант несколько экзотический, наоборот бывает значительно чаще. Основная валюта в Navision у вас рубли?
Да, оплата в EUR.
Основная валюта RUB.
Проверил в NAV 2009 последней версии - такое же поведение.
Попробуйте поиграться с настройкой суммовых разниц (Финансы -> Настройка -> Финансы Настройка -> Кнопка Функции -> Суммовые разницы Настройка).