2. Application Designer's Guide:
MaintainSQLIndex - determine whether or not a SQL Server index corresponding to the Dynamics NAV key should be created.
т.е. свойство определяет будет ли создан соответсвующий NAV ключу SQL индекс.
Да. Это я ошибся.
Еще раз попробовал поиграть флагом - индексы исчезают и создаются.