Кстати - мне очень кажется что поддержка лотов возврата для складских журналов и вообще не-заказов была реализована в 4.0 Feature pack 2 для восточной европы. Я этот FP2 со своего компа куда-то снес, но процентов 90 уверен что там это было (вместе с другими правками себестоимости)
Именно поэтому мне кажется что код расчета себестоимости лучше не менять. Его часто корректируют - подниматься на сервис паки тяжко будет. А если какой нить баг пропустить, то исправлять потом сложно.