[Владимир Максимов]

Вопрос в том, как именно Вы добавили этот самый checkBox.Точнее, что является источником данных для этого объекта и как (по какому событию) Вы организовали запись значения из формы в переменные класса (ту переменную, которая в списке переменных метод pack())

Посмотрите другие объекты формы BomCalDialog - там у всех объектов источник данных - это edit-методы, которые напрямую читают/пишут значение в переменные памяти класса-родителя. Это свойство DataMethod у объекта. Там прописано имя метода формы BomCalDialog

Теоретически, также должно сработать и присвоение значение переменных памяти в методе getFromDialog() как штатное событие для любых наследников от RunBase. Но конкретно у классов-наследников от BOMCalcJob этот метод не используется.

А у Вас в какой момент происходит запись текущего значения галки на форме в переменную класса? Похоже, что после того, как будет создано пакетное задание

Да, надеюсь, при добавлении переменных в список CurrentList Вы также увеличили значение CurrentVersion? Ну, или почистили SysLastValue от кеша предыдущих запусков (без новых переменных)