Если я правильно понимаю, вам нужно запустить пакет не в среде CIL.
Для этого:
У задания Batch нужно RunType поменять на "Клиент". В этом случае пакетный сервер будет отвечать только за обработку статусов этого задания, но не за его обработку. Т.е. задание будет переведено из ожидание в выполнение штатным способом, и останется на статусе "Готово". Сама запись BatchJob перейдет в выполнение.
Далее в "Управление организацией/Периодические операции" выбираем "Пакетная обработка". Появляется форма, которая нам хорошо знакома из времен 4-ки. Выбираем группу, и наслаждаемся. Пакет будет запущен архитектурно точно так же, как и в 4-ой аксапте.
Так можно отлаживать пакетники