Я так понимаю, что ошибка также не будет возникать если в данном случае использовать Microsoft Office 2010 64bit. У меня серверные пакетные задания корректно сохраняют файлы *.xls без каталога
%SystemRoot%\SysWOW64\config\systemprofile\Desktop на сервере.
C Office 2007 тоже долго мучился
пораньше бы ваше сообщение.