В общем проблема решилась тем, что в метод rowIndex() класса OXMLRow_RU я вставил код, который удаляет ссылку на схему. Одна строка кода решила все проблемы.
Теперь файл открывается за 15-30 секунд.
И сохраняется форматирование ячеек из шаблона.
Все предыдущие мои манипуляции приводили к тому, что время вывод в Эксель линейно увеличивалось с ростом количества строк. И к 500-й строке доходило до одной строки в секунду.
Так что не читайте всё, что я до этого пытался сделать
