Добрый вечер.
Bin и GAC взаимоисключают друг друга. Скорее всего забыли связанные библиотеки сложить по соседству - перепроверьте зависимости.
Возможно эта тема поможет решить проблему:
При компиляции не видит подключённых dll через references
Вы в сторону ссылок на сервис автогенерируемых Аксаптой не смотрели? Оно, вроде, априори на сервере развёртывается.