Недавно я ковырял метод xRecord.merge() используя стандартный
класс , не знаю про dedlocks, у меня такого не было, зато очень много бился с duplicate key exception.
Как я вижу, вы тоже пытаетесь объединять субъекты (физиков) в Ax2012, но как я понял, своим собственным классом.
Мне кажется надо делать как в DirParyMerge.runOnServer(), т.к. в нем не только merge происходит, но еще и удаление записей.