[ZornFire]

Я правильно понял, что у Вас синхронизация выполняется не через пакетный сервер, дополняя или меняя существующие н.н., а именно напрямую синхронизируете таблицы через БД посредством MS SQL?
delete from inventtable это вот зачем? по этой логике у Вас, на БД магазина, из справочника н.н., сначала удаляются все записи, затем загружаются по новой из офисной БД.
По мне, так правильнее было бы, настроить пакетные сервера, где данные буду обновляться, не общем массивом в 800к, а только те что изменены\удалены.

Или как минимум перенастроить процесс синхронизации, что справочники н.н. не удалялись, а потом заливались по новой, а апдейтелись(update from inventtable).

Если не сможете своими силами - наймите на эту задачу консалтинговую компанию. На мой взгляд это оптимальный вариант.