1. Да. ОБГ в производственном заказе будет пусто. Надо заполнять вручную.
Описание того как оно используется приведено здесь
http://apanko.ru/showpost.php?p=6043&postcount=6
Скорее всего сделаете вывод о его сомнительной полезности и заполнять перестанете (для 4.0, на 5 и выше не проверялось).
2. При создании производственного заказа вручную, вручную надо указывать и код склада. При создании производственных заказов автоматически (при работе механизма планирования), склад будет заполнен системой.