1. Можете отключить MaintainSIFTIndex для всех ключей, тогда суммы будут расчитываться медленно но правильно.
2. Проверьте SIFT тригер таблицы, может быть косяк в нем.
a. Зайдите в sql, найдите таблицу Item_ledger_Entry
б. Откройте тригер вида Item_Ledger_Entry_TG
в. Попробуйте найти в нём ошибку
3. Сделайте временный тригер именно на сифтовую таблицу (вида 32$0), который сравнивает grandtotal по какому нибудь bucket'у с реальным grand total'ом в Item_Ledger_Entry и отсылающий письмо в случае несовпадения...