При учете Журнала Инвентаризации, например, при недостачи лишнее кол-во товара перемещается в виртуальную ячейку, но не списывается
Для списания с баланса надо использовать Акт Списания (он как раз списывает товар из виртуальной ячейки).
P.S. Если мне не изменяет память, это описано в труде Управление Складом