Я так понял что из двух учт. счетов вам надо намечатать один общий счет-фактуру и накладную?
Тогда:
в репорте на реквест форме сделать параметр "печатать по заказу".
Все учтенные счета фактуры имеют в поле "Заказ Но." один номер.
Теперь кодеюнит 12401.Standard Report Management
Туда надо передать признак, что мы хотим печатать не по номеру документа, а по номеру заказа. Это я думаю сами догатаетесь как сделать

Далее - в функции GetSalesDoc там где на строки ставится фильтр по номеру документа (это в самом начале функции - вот кусок кода)
<div class='CALtop'>C/AL</div><div class='CAL'>
.............
SalesHeaderType::"Posted Invoice":
BEGIN
SalesInvoiceLine.SETRANGE("Document No.",SalesHeaderNo);
IF NOT SalesInvoiceLine.FIND('-') THEN
EXIT;
SalesInvoiceHeader.GET(SalesHeaderNo);
....................
</div>
пишем свой код - типа если нам надо по заказу - фильтр на строки по полю ЗаказНо -
<div class='CALtop'>C/AL</div><div class='CAL'>
.............
SalesHeaderType::"Posted Invoice":
BEGIN
IF SourceDocNo = SourceDocNo::OrderNo
THEN SalesInvoiceLine.SETRANGE("Order No.",SalesOrderNo)
ELSE SalesInvoiceLine.SETRANGE("Document No.",SalesHeaderNo);
IF NOT SalesInvoiceLine.FIND('-') THEN
EXIT;
SalesInvoiceHeader.GET(SalesHeaderNo);
....................
</div>
Ну вот соссно и все, дальше она сама посчитает все что вам надо.
Номер фактуры ессно надо будет по всей видимости брать из самого первого учтенного счета, но это мелочи.