Я такие ситуации лечу дописыванием watchdog-кода в InventUpdateOnHand. Поскольку там логируется список всех измененных inventTrans, можно дописать новый тип 'как бы проверки' в inventSumDeltaDim. Потом при завершении транзакции можно написать запросик, который проверяет наличие складских журналов (конечно только по тем аналитикам и номенклатурам, которые обновлялись в текущей транзакции), у которых нету шапки. Проверка эта должна включаться/выключаться по какому-то глобальному параметру.
Потом ждем пока пользователь позвонит и пожалуется на непонятное сообщение. Дальше быстренько спрашиваем пользователя чего он такого делал и трассируем ситуацию сами. После достижения ясности можно этот watchdog отключить и попытаться исправить код, из за которого ошибка случается.
И так до следующего watchdog
Можно конечно вообще в Application.ttsNotifyPreCommit поставить тупую проверку на все журналы без заголовков. Просто во многих случаях, проверка целостности вообще всех данных занимает очень много времени и нету возможности ее использовать. А при фильтрации по inventumDeltaDim для текущей сессии, все-таки удается проверяемое множество локализовать и время проверки опустить до разумных значений...