Если для каких-то номенклатур в Группе(ах) складских аналитик Склад (или другая аналитика) не взведена галка Финансовые запасы, то система ведет себя корректно. Выходов 2:
1. Забить
2.
Склад закрывается по складам. Физ.наличие по складам и партиям. Как добавить партию в расчет себестоимости?
Если вас беспокоят только копейки, то привидите для начало место, где вы их видите и в нем, скорее всего, можно найти что нужно подправить.