Вообще-то, если с точки зрения бизнеса задуматься о смысле комиссионных, зависящих от маржи, использовать их разумно только в том случае, если себестоимость товара известна и фиксирована в момент продажи. Тогда у продавца есть конкретная отправная точка - себестоимость - от которой он может планировать свои дальнейшие действия (продать по более высокой цене, предложить более прибыльный для компании товар и т.п.). В случае, если себестоимость меняется после формирования заказа, мотивирующий смысл комиссионных несколько теряется.
Представьте простую ситуацию. Компания использует средневзвешенную себестоимость. Продавец отпустил товар с большой маржой, и в конце месяца ожидает заслуженную прибавку к окладу. Но в последний момент выясняется, что вся его прибавка была "съедена" одним приходом с нетипично высокой ценой, проведённым в конце месяца отделом закупок. Какое поведение будет мотивировать такая система поощрения в компании?
Но это, конечно, просто лирическое отступление. Решать Вам.