Тут многое зависит от кол-ва мест, где надо разворачивать комплекты, если это некий набор форм, отчетов и комплектующие никогда не живут своей жизнью, то лучше сделать через спецификацию. Еще можно попробовать обмануть систему и в строки исходных документов, помимо самой спецификации дополнительно подсовывать комплектующие с "пустой" разноской и запретом прямого редактирования. Если нужны только отчеты по складским проводкам, то возможно достаточно дополнительно формировать проводки по комплектующим.
Вариантов море