Я, собственно, не теоретизировал, а написал как оно есть в системе

При составлении списка дополнительных номенклатур система проверяет, если по доп. номенклатуре стоит эта галка и эта же номенклатура (обратите внимание,
не код номенклатуры, а эта же строка в настройке доп. номенклатур (проверка по recid)) уже есть в списке, то второй раз она не добавляется.