мне кажется логично использовать префикс компании (клиента) в своих костомизациях.
например если работаем в компании Vasya Pupkin то например создавая таблицу, класс, форму и все остальное, что есть в АОТ, мы будем писать: VP_Table, VP_Class, VP_Form и т.п. Это нам поможет сразу идентифицировать то, что создано в самой компании локально (по идее слои для этого, но мало ли, внедренец тоже может накодить в слое USR и т.п.)
в остальных случаях считаю, префиксы\суфиксы не нужны, а только мешают эстетическому восприятию элементов приложения