[a33ik]

У меня заработал такой код:

            CrmAuthenticationToken token = new CrmAuthenticationToken();
            token.AuthenticationType = AuthenticationType.AD;
            token.OrganizationName = "Microsoft";

            CrmService crmservice = new CrmService();
            crmservice.CrmAuthenticationTokenValue = token;
            crmservice.UseDefaultCredentials = true;
            crmservice.Url = (string)(Registry.LocalMachine.OpenSubKey("Software\\Microsoft\\MSCRM").GetValue("ServerUrl")) + "/2007/crmservice.asmx";

            QueryExpression query = new QueryExpression(EntityName.product.ToString());
            LinkEntity linkentity = query.AddLink("productsubstitute", "productid", "productid");
            linkentity.LinkCriteria.AddCondition("substitutedproductid", ConditionOperator.Equal, new Guid("121F4274-3E13-DF11-91AF-0003FFD0167C"));

            query.ColumnSet = new AllColumns();

            List<BusinessEntity> list = crmservice.RetrieveMultiple(query).BusinessEntities;

Также не забывайте, что в реалиях CRM если продукт Б является заменителем продукта А, то это не означает, что продукт Б будет заменителем продукта А.