Спасибо всем за советы и помощь. Пока остановилась на журнале Спецификация. Все корректно работает и после пересчета склада накладные расходы, доначисленные по закупке, корректно перенеслись и на себестоимость строки, полученной журналом Спецификация. В случае отдельного списания и приходования такое не получилось бы.
Потестирую еще разные варианты и случаи, надеюсь, все будет нормально работать