Кстати, если у вас все будет на Windows, можно просто цепляться php скриптом через ODBC к Nav базе и синхронизировать нужные вам таблицы, лицензия на ODBC я думаю у вас есть. Такой вариант устраивает?
Ну в итоге как раз и надо PHP интерфесы работы с этими данными. Так что и обновлять через PHP вручную можно будет.
Но я не понимаю как из MySQL (или из PHP) зацепиться за DNS, на которм лежит N/ODBC