Не хотелось бы заводить новую базу, куда ипортить остатки уже в новой валюте.
Зачем ипортить в новую? В туже самую... предварительно её обнулив (списав все открытые проводки). Например, в случае со складом я не представляю другого выхода, кроме как закрыть склад, оставшиеся открытые приходы списать и снова оприходывать, но уже в новой валюте.