Счет Накладная / Приход определяется неверно

[Raven Melancholic]

Вообще-то в разных компаниях правила разноски никак не связаны с тем, что используется механизм интеркомпани или нет. Более того, автоматом разноска в компаниях производится только для прямой поставки (по крайней мере в стандарте это так). Поэтому ошибку нужно искать не в ключе компаний, а в каждой компании отдельно.
Причем, приведенная форма показывает разноску для общих настроек (ВСЕ). возможно, что для конкретного клиента (группы клиентов), номенклатуры (группы номенклатуры) настройки другие. Поэтому смотреть нужно не в этих формах, а провалиться немного дальше.