Можно запустить скрипты для дефрагментации индексов всякие (которые по идее периодически должны запускаться), но я бы не надеялся на них
DynamicsPerf надо устанавливать и смотреть, что тормозит.
Не уверен, правда, что он на SQL 2005 будет работать
https://blogs.msdn.microsoft.com/axi...loyment-guide/