Во время испорта происходит:
1. перенумерация recid. И следовательно поиск записей, которые ссылаются на данную запись по RecId и изменение номеров в них
2. хитрая обработа виртуальных компаний (скорее всего, это не ваш случай)
Что нужно сделать:
1. Почистить все логи
http://axapta.mazzy.ru/lib/dbgrowthsolution/ чтобы при импорте данные логов не анализировались
2. Проанализировать связи по recID. Таблицы, связанные по RecID ОБЯЗАТЕЛЬНО надо испортировать в ОДНОМ пакете. Таблицы, не связанные по recID можно импортировать разными файлами.
Например, LedgerTable, LedgerTableAlternative и LedgerTableInterval могут быть связаны по RecID. Это значит данные этих таблиц должны быть в одном файле.
А вот LedgerTableAlternativeTrans по RecID ни с кем не связана (в стандартном функционале) и на нее никто по recID не ссылается. Это значит LedgerTableAlternativeTrans можно вынести в отдельный файл экспорта/импорта.
И т.д.
Отдельный файл можно сделать создав отдельную группу определения экспорта/импорта и указав в ней только нужные вам таблицы.
Итак, главная ваша проблема - RecID при импорте изменяется и согласованно с ними изменяются ссылки на измененные RecID. При большом объеме импортируемых данных, согласованное изменение ссылок делается долго.
Ваша задача - облегчить работу алгоритму импорта.