Во-первых, с т.з. Микрософта удобнее мониторить пользователей, заведенных в админке Office 365, нежели надеяться, что не хакнут ограничение по количеству конкурентных пользователей.
Во-вторых (следствие) - это больше денег. Одно дело - один пользователь "Склад", а другое - целых N сменных кладовщиков.
В-третьих, под каждую учетную запись подвязываются свои "плюшки". Например, если человек имеет лицензию к D365FO и к D365 Sales, то ему автоматически будет доступна онлайн интеграция. А без этого может быть ситуация, когда человек не имеет лицензию к D365 Sales, но данные оттуда выкачивает посредством дополнительной интеграции, которая была отдельно запрограммирована (и на это клиент отдал деньги не Микрософту
)))
Общий вывод - так выгоднее финансово Микрософту и проще управлять и контролировать (тому же Микрософту)