X++:
\Classes\InventUpd_Physical\updatePhysicalReturnedReceipt
или
X++:
\Classes\InventUpd_Physical\updatePhysicalReturnedIssue
Эти методы вызываются везде где идет возврат.
Например, при обработке накладной по заказу или закупке через немедленное получение на отрицательное количество. Т.е. когда оформили накладную, а потом возвращаем через немедленное получение.
Вообще вмешательство в базовые классы системы должно быть минимальным и с кучей условий, чтобы вмешиваться в работу стандартного функционала, только для заданных у вас условий. Иначе можно серьезно что-нить поломать.