Нормально в 2.5 работать, различия есть, но они не критичны.
Не понял, что значит ограниченная функциональность по сравнению с 3-шкой - вести управленческий учет можно, да и бухгалтерский тоже, если подпилить. Примеры ограниченности приведете? Багов не много, если брать SP4.
P.S. AX 2009 по-моему выйдет весной 2009 года вроде как. Хм. 2.1 версия кое-где используется, а вы 2.5 в расход списали, рано еще
