Себестоимость готовой продукции равна себестимости компонет+сумма затрат по журналу операций/заданий. (Это так- аксиома). Если у вас не стоит жесткая маркировка каждой складской проводки (inventTrans) по производственной спецификации(prodBOM) к соответствующей складской проводке по производственному заказу нижнего уровня, то себестоимость списания будет равнятся просто мгновенной средней (то есть - усреднение по всему запасу данного сырья на складе), а не себестимости приходной проводки по заказу нижнего уровня. Добится нужной однозначности можно только если использовать маркировку или жесткую номерацию партий (inventBatchId) для всех компонент. (И даже в этой ситуации - возможны варианты, например при использовании отрицательного склада).
Ну или как вариант - просто объяснить заказчику чтобы не морочил голову выверкой.