У меня была такая же проблема
D365FO. Разностный билд с PU20.
Проблему не решил. Точнее решил, но путем выкачки новой версии виртуалки из LCS.
Обратил внимание, что проблема возникает тогда, когда на выкачанную версию из LCS накатывается "смешанный" пакет обновлений, т.е. не чистый "двоичный" пакет, а с обновлениями Х++. Когда накатывается "чистый" пакет (типа PU23), то все остается нормально. Но это условное наблюдение - я так и не смог нормально выяснить - в чем причина. Пока известно только то, что если на выкачанную виртуалку из LCS накатить PU23 (только его, без дополнительных обновлений) - так что издатель Package будет Microsoft, а не Multiple, то разностный билд не пропадает
Жили некоторое время в режиме билда только модели, но с одинаковой версией прода и onebox. После обновления решили забить на одинаковость версий (на самом деле они почти одинаковые, т.е. незначительно отличаются) - разностный билд оказался приоритетнее